通州区第二中学为北京市首批完全中学。前身为建于1904年的通州女童蒙馆，由美国基督教会公理会海外布道会传教士富善慕柯在学道院基础上改办。1905年该校名为富育女子学校。著名校友有李德全、杨崇德。1927年学校改称私立富育女子中学。1951年7月为河北省任命政府接管，改名为河北省立通县女子初级中学。1959年起兼收男生。1960年改称北京通县第二中学。1974年增设高中部。

1988年以来，学校先后举办了声乐班、合唱团、管乐队、舞蹈队、美术书法小组及各种球类、田径队，在多项美育类竞赛中获奖。1992年被北京市教育局命名为“全面育人，办有特色”学校和“北京市美育先进集体”、“电化教育先进校”。2003年通过北京市中学规范化建设验收。多年来学校初中毕业生考入市、区重点高中的学生数量始终位于全区第一。