北京市第一二五中学始建于1872年，初为慕贞书院，后称北京慕贞女中，是中国最早的教会名校之一，与汇文、育英、贝满并称京城“四大教会名校”。 1952年更名为北京女十三中，是教育部确定的首批全国重点中学之一，成为对外开放的重点学校， 1972年改为现名，目前是一所完全中学。正是这样一所百年老校孕育了学校特有的校园精神——“以人为本，严格宽容，致知力行，求真求实”，培养了许多栋梁人才。毕业生中人才辈出，有国家领导人刘延东、工程院士胡亚美、我国第一台大型电子计算机研制组组长王力、海洋地理学家王颖、北京外国语大学教授吴青、东方航空公司第一位女机长李燕生、眼外科专家黎树明等。
如今的学校，在继承百年老校丰厚的人文底蕴的基础上，不断开拓创新，坚持走内涵发展之路，以精细管理促进办学效益的不断提高。在新教育形势下，学校领导班子确定了“提升高度，挖掘深度，积累厚度”和“求新、求变、求进”的工作思路。提升高度主要是指提升教师的教育智慧，促进教师的专业化发展；提升学校的管理水平，推动学校内涵式发展；提升学校的办学质量，促进学校科学发展。挖掘深度是指挖掘教育方法的深度、挖掘教学研究的深度、挖掘学校工作的深度，使工作更精、更细、更深。积累厚度是指积累学校文化的厚度、积累育人成果的厚度，积累人生智慧的厚度。
2010年7月1日，国务院批复：以原东城区、崇文区的行政区域为东城区的行政区域。我校位于崇文门内大街，是原东城区最南端的窗口校，现在随着行政区域的变化，我校成为了新东城核心区域的学校。这给学校的发展带来了新的机遇。我们这所百年老校经过近一个半世纪的风雨历程，积淀了深厚的文化底蕴，形成了自己的学校文化特色。近年，学校提出“一主、两翼、三提升”的学校文化建设思路，即以“悦心、健体、笃学、力行”为文化建设主线；以教师文化与学生文化为两翼；不断提升学校的管理智慧、提升教师的教育智慧、提升学生的生命智慧，从而实现科学发展、特色发展的目标。学校百年的文明，在新形势下又被赋予了时代的特色，为学校的发展注入了不竭的精神动力，激励着广大师生不断创造着自己的成功，谱写着学校发展的新篇章。
