北京市顺义区小店中学创建于公元1958年,坐落在顺义区县城的东南方,木燕路东侧,木北路西侧,距城区15公里,离杨镇中心4公里,在小店村的中东部,与小店卫生院、小店幼儿园、小店小学紧紧相邻。由盖帽初中校逐渐分离出来,最终成为相对独立的正式初级中学。
小店中学校舍最初是占用民房,1960年正式修建了两排校舍,葛有富负责时增建校舍一排,1961年共有校舍三排,均为砖木结构的平房。前排为教师宿舍,中间一排是教室,后排为教师办公室。有3间实验室,为理化生三科合用。学校占地面积8000多平方米。1984年王辛庄中学并入后增建一排宿舍10间,增建一排4个教室。
1991年间,开始集资办学,学校全面启动校舍改造工程,得到了政府的高度重视和社会各界热心人士的支持,小店乡政府投资180万元为小店中学建教学楼,至1992年改造完毕,在新址崛起一座全新的教学楼,楼房南面是绿化带,楼北面为平整的操场,现在学校占地面积30864平方米,建筑用地3162.5平方米。
1998年通过北京市初中校规范化验收。