我校于1997年成立，由清华大学和清华附中的教授和教师共同举办，中国工程院院士、原清华大学电机系主任韩英铎教授担任名誉校长，首任校长是原清华大学电机系副主任谢小平教授。学校建校在清华大学清华学苑内。我校首届招收300多名学生，三年中形成合理的1000人办学规模。 2002年为支持清华大学扩建，创办世界一流大学的211工程，按照北京市和海淀区教委的要求，我校暂时搬迁到昌平区办学。 2005年经海淀区教委回迁安置，我校办学地点改在海淀区闽庄路56号（原北京四十五中学校园）。 2005年后我校与清华附中和十九中学合作办学，得到进一步的发展。现在学校初、高中在校学生近千人，已经成为一所“社会需要的学校 我校设有先进的生物、物理、化学实验室，有微机室和多功能厅、食堂、 阶梯教室、学生公寓，有体育设施齐全的大操场，各班都具有现代化的多媒体设备，校园实现了信息网络管理，是一所环境幽雅，设施齐全的现代化学校 我校以“育人为本”，坚持改革创新，形成了既注重学生全面发展、又鼓励学生学有所长的办学特色和生动活泼的校园文化。即重视课堂教学又重视选修课教学，同时积极开展课外活动，使学生在德育、智育、体育、美育几方面都得到了发展。为高等院校输送了大批优秀人才。 2006年被评为“北京最具影响力的学校” 2007年被评为“北京最具品牌影响力的学校”， 2008年被评为“代表北京最高办学水平的民办学校”， 2010年被评为“最具推荐价值的民办学校： 2011年被评为“全国民办教育先进集体”

清华育才在京城教育机构调查的活动中，2006年被评为“北京最具影响力的学校”，2007年被评为“北京最具品牌影响力的学校”，得到了家长、学生和领导的赞许以及社会的认可。作为实验学校，学校努力使“清华育才”这个品牌不断被社会认可，为社会主义的基础教育事业发展做出应有的贡献，清华育才实验学校正向着一流学校迈进。

清华育才以“育人为本”，坚持改革创新，形成了既注重学生全面发展、又鼓励学生学有所长的办学特色和生动活泼的校园文化。既重视课堂教学又重视选修课教学，同时积极开展课外活动，使学生在德育、智育、体育、美育几方面都得到了发展，为高等院校输送了大批优秀人才。

2013年小学毕业生申请升入我校初中，按照区教委的相关政策，报名、面试和录取安排如下： 1、海淀区四季青及附近的非京户籍小学毕业生可以到我校报名、面试，被录取到我校的学生享受免费初中三年义务教育。 2、我校初中招收体育特长生（女生），本市小学毕业生不分户籍都可以报名，5月18日和19日在我校体育面试和测试，被录取的特长生享受免费初中三年义务教育。