十六中学始建于1934年，原名广州培桂中学，由近代著名教育家、民主革命活动家，被周恩来誉为“一代宗师”马君武先生创建。1953年改为公办，当年由著名语言学家王力题写校名，1994年被评为首批广东省一级学校。学校以“把16中办成观念新、队伍强、质量高、校风好、环境美、设备先进、管理科学、有特色的现代化学校”为办学目标，以“自主学习、自我教育、自求发展”为办学模式和培养目标和培养目标，并以“志、勤、美”的校风，“乐业、爱生、严谨、创新”的教风，“勤奋、扎实、灵活、创造”的学风统一思想和步调，以学生发展为本，为学生可持续发展奠基，全面实施素质教育，坚持培养个性特长。 于1993年学校被评为首批广东省一级学校，2006年12月通过了广东省国家级示范性普通高级中学初期督导验收，2007年12月被评为广东省高中教学水平评估优秀等级学校，2010年增设南校区(广州市第七十九中学)，实现了大面积、高速度地提高办学水平的目标。 学校先后荣获全国示范家长学校、广东省文明单位、广东省教育系统先进集体、广东省师德建设先进集体、广东省绿色学校、广州市文明单位标兵、广州市先进集体、广州市文明示范校园等称号。 在“整体优化、为国育人”的思想指导下，学校全面实施素质教育，培养学生个性特长，教学质量稳步提高。已连续14年获市高中毕业班工作评估一等奖，连续12年获市、区初中毕业班工作评估一等奖，高考、中考多项指标位居广州市前列，越秀区第一。学生学习基础扎实，品德行为良好，参加全国、省、市区级各类竞赛，获奖人数众多。 学校制定了“教育观念新、师德风尚好、教育理论和知识技能水平高、科研能力强”的队伍建设目标，在教职工中形成了“事业第一、工作第一、学生第一”良好风气。

2004年被评为东山区教育系统德育示范单位。2006年5月被广东省青少年中心评为课题研究工作“先进单位”。2006年12月在示范高中初期评估中，学校德育工作得到专家的充分肯定。2007年9月学校少年军校以优异的成绩被评为“广东省少年军校示范学校”。

学校坚持以德育科研推动德育工作的发展，以“三自教育”模式的探索为主线，努力做到德育工作课题化。先后开展了“整体构建学校德育体系的深化研究与推广实验”、“青少年行为习惯与人格的关系研究”、开展“中学生公民道德教育实验研究”、“团体心理辅导”等课题实验，结合学习和贯彻《中共中央 国务院关于进一步加强和改进未成年人思想道德建设的若干意见》，根据学生不同年龄阶段的成长规律，进行“各年级学生‘自我发展’目标设计实施策略及管理评价”的德育改革，并以此为课题进行研究，形成各年级思想教育主题和目标递进层次，加强德育的针对性和实效性。