学校始建于1958年，是一所初中校，1973年成为初、高中兼具的完全中学。1980年从上国强胡同迁到现在的校址。2004年北京市第二二三中并入，2005年新世界家园校区建成，教学规模进一步扩大。 目前学校共有教学班27个，其中初中15个班、高中12个班；共有学生1100多人；共有教职员工121人。　学校现分为南北两个校区。精心的设计，精巧的布局，营造出优美宜人的育人环境。学校先后被评为“北京市中小学校园环境示范学校”、“北京市健康促进学校”、“北京市爱国卫生先进单位”、“首都文明单位”。 学校有着一支师德高尚、团结奉献、责任感极强、不断追求超越的教师队伍。为了学生的发展，家长的信任，面对普通校的普通生源，全校教职员工团结一心，艰苦奋斗，克服了生源差、待遇底、工作时间长、工作强度大等诸多困难，连续多年创造高考本科上线率超越自我、保持甚至提升位次。

多年来，在学校全体教职员工和全体学生的共同努力下，学校校风优良，被教育部命名为“全国德育示范校”，学校的教学质量持续稳步上升。 　　2006届高三，创造了高考上线率98.8%的好成绩，特别是理科89名考生有48名被本科录取。该校重点大学上线率与上一所示范校仅差”0.1个百分点，大本上线率名列全区第五，迈入示范校行列，理科总分平均分名列全区第五、三门学科成绩名列全区第四，迈入示范校行列。其中高圆同学以629分的成绩考入对外经贸大学，还有佟超、赵辉、方圆、陈涛等同学，分别考入了北京工业大学、天津师大、石油大学、首师大、北京工商大学、北大医学部、北邮世纪等他们心中的理想大学。 　　2010届高三，理科超越一所区重点校，位居全区第五；文科位居全区第四。其中历史与地理两学科成绩排名有时位居全区三。 　　学校以文科为特色，文科教师水平既高且认真负责，2010届高三期末统练历史选择排名全区第三，一模考试地理选择全区排名第三。作为崇文区最好的普通校，文科上本率达到50%以上。

学校一贯坚持“以人为本，和谐发展”的办学思想和“追求一流，办有特色”的办学目标，坚持“严、细、实”的工作风格。多年来，在教育教学工作中获得突出成绩。学校形成了遵规守纪、积极向上的优良校风，被社区誉为“让家长放心，让人民满意的学校”，被教育部授予“全国德育先进校”的光荣称号。 　　建校多年来，学校办学模式持续稳定，办学规模不断扩大，拥有老、中、青三代结合，年龄结构合理，专业实力雄厚，经验丰富，具有高度责任感和团队精神的教师队伍，被评为“北京市师德先进校”。学校中、高考成绩多年连创佳绩，享有极高的社会知名度和良好口碑。在四中、在汇文、在清华、在复旦均有该校毕业生学习的身影。 　　九十六中是一所完全中学，同时肩负着提高初中、高中教学质量的双重任务。九十六中虽然是一所普通校，但学校把“凭借普通校生源，力争达到示范校教育水平”作为追求目标。