遵义医药高等专科学校由原遵义卫生学校和原遵义中医学校两所国家级重点中专合并组建，于2006年2月17日经国家教育部批准，2006年6月20日正式挂牌成立。
学校坐落在中国历史文化名城——遵义。学校分设两个校区（汇川校区、桃溪校区），两校区分辖于汇川区和红花岗区，占地271亩，总建筑面积70708.90平方米。
学校现有 “一基地”、“二室”、“三中心”和“一站”：贵州省实验用兔养殖基地、国家二级中药生药实验室、遵义市中药民族药新药研究实验室、法医司法鉴定中心、遵义市临床病理诊断中心、动物实验中心、贵州省第五职业技能鉴定站。
学校有一所直属附院（遵义市第五人民医院），两所非直属附院（遵义市第一人民医院、遵义市第三人民医院）。直属附院设病床200张，医护员工226人，主要开展外科微创、腹腔镜、宫腔镜、胆道镜、胃肠镜、C臂手术、心内科、消化内科等业务。目前学校拥有61所分布在四川、云南、重庆、广东、贵州等省内外的地县级教学实习医院。
学校现有教职员工288人，其中教师402人；博士、硕士研究生33人；教授7人，副教授70人。
学校经过几年的办学实践，初步探索出“中西药并举”、“专科教育为主、兼顾成人教育、中职教育和职业培训”的办学路子，现开设有13个专业：临床医学、中医学、护理学、针灸推拿、医学检验技术、医学影像技术、中药学、药学、临床医学(全科医学方向)、助产、康复治疗技术、医学营养、公共卫生管理。其中，护理、医学影像技术专业为国家财政部重点支持建设的骨干专业。
从2009年开始，学校在全国18个省（市）自治区招生，各专业报到率超过80%，就业率达到81% 。2011年我校的招生录取工作更是形势喜人，高分段考生多，生源素质好。目前，学校全日制在校学生有9961人，其中大专生5540人，普通中专生4421人，成人中专生1419人，成人本、专科生1129人
2010年5月，学校通过了教育教学工作合格评估。2010年7月，学校在全省高校思想政治教育工作评估中荣获优秀。学校是“国家园林单位”、市级“平安校区”、是贵州省唯一获得国家卫生部“全国无偿献血先进促进奖”殊荣的高校。2011年，学校获全省“精神文明建设工作先进单位”和全省“安全稳定综合治理工作先进单位”等称号。
2013年，学校将迁到新蒲新校区。新校区占地1000余亩，学生规模将达到15000人。
一直以来，学校始终坚持“教学立校、人才强校、科技兴校、医疗帮校、文化建校”的办学理念，保持“多层次多渠道”办学的特色，为社会培养了一大批高素质的实用型、技能型、服务型紧缺人才。