上海中医药大学创立于1956年，是新中国诞生后国家首批建立的四所中医药高等院校之一。1993年，上海中医学院更名为上海中医药大学，成为国内最早更名为大学的中医药院校之一。2000年，原上海医学高等专科学校并入我校。2003年，为实施上海市高校布局调整规划，学校整体搬迁至浦东张江高科技园区，成为“张江药谷”的重要组成部分。
目前，全日制在校学生总数7429人，其中本科生3919人，高职高专学生761人，研究生1508人，港澳台学生及留学生984人。另外，学校目前已与14个国家和地区建立了合作关系，有来自日、韩、俄、法、英、美、德、意等30余个国家和地区的短期培训留学生每年近1000余人次。
学校设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、护理学院、医学技术学院、康复医学院等20个二级学院及部、中心；拥有龙华医院、曙光医院、岳阳中西医结合医院、上海市中医医院、普陀医院5所附属医院，累计床位数4300余张，年门诊量达1000余万人次。学校拥有19家医教研联合体医院，18个附属及共建研究所，13个研究中心。
学校拥有中医学、中药学、中西医结合医学3个一级学科博士学位授予权，15个博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；有本、专科专业（方向）29个；教育部特色专业建设点2个。
现有国家重点学科4个、国家重点（培育）学科2个、国家中医药管理局重点学科38个、第一批上海市重点学科2个、第二批上海市重点学科中优势学科2个、特色学科5个、第三批上海市重点学科4个、上海市一流学科4个，上海市临床医学中心4个、上海市医学重点学科3个。
学校于1999 年顺利通过了首批教育部本科教学工作优秀评估（试点），2007年在教育部新一轮本科教学工作水平评估中获得优秀，2008年顺利通过中医学试点认证。在2009年教育部学科评估中，我校中药学、中医学学科排名分列全国第一、第二位。在2012年教育部学科评估中，我校中药学、中医学、中西医结合学科排名分列全国第一，第二、第三位。
学校是国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地、中国大学生武术训练基地、全国大学生ＫＡB创业教育基地，是为数不多的同时拥有四个人才培养基地的高校之一。
50多年来，学校名医荟萃、人才辈出。建校之初，一大批闻名上海的名医大家纷纷投身于学校的教学和临床工作，为上海中医药事业的传承与发扬奠定了厚实的基础。历经半个多世纪洗礼，被列为国家中医药管理局第五批全国名老中医继承班导师的有24人，上海市人民政府命名的“上海市名中医”中，90%以上为我校毕业或在本校系统工作的著名专家。
学校坚持“不重其全，重其优；不重其大，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，以“研究教学型、特色型和外向型”为办学定位，全校师生朝着“全国一流、世界著名的中医药大学”办学目标共同前进。
学科实力
2012年国家一级学科评估排名：
中药学： 全国第一名
中医学： 全国第二名
中西医结合：全国第三名
一级学科国家重点学科：
中药学
二级学科国家重点学科：
中医内科学
中医外科学
中医骨伤科学
针灸推拿学（培育）
中医医史文献（培育）
国家中医药管理局重点学科（38个）：
各家学说、中医诊断学、中医工程、植物资源学、中医肝病、中医传染病、中医肾病、中医外科肛肠病、中医肿瘤、中医骨伤、针灸学、推拿学、中西医结合临床等
教学实力
学校秉承“以学生为中心，坚持继承创新，致力改革开拓，强化素质能力，注重知识交融，促进个性发展，努力造就现代中医药人才”的培养理念，以及“一体两翼”的中医药创新人才培养总体目标，率先着手将全球医学教育基本要求引入中医药教育教学改革。
通过建立四大教学平台，并完善相配套的服务支持体系，在建立开放的中医药教育体系、强化学生中医药学价值取向、提升学生自我学习和科学探究能力，以及主动继承和发扬中医药传统的能力等方面取得显著成效，使上海中医药大学在全国中医药教育中处于引领地位。
2007年本科教学工作水平评估中获得优秀结论；2008年中医学专业试点认证，42个领域73个指标全部达标。并获得如下教育质量工程建设成果：
国家级精品课程7门，国家级实验教学示范中心2 个，国家级精品视频公开课2 门，国家级教学成果奖4项，上海市精品课程20门，上海市全英语示范课程3门，上海市教学成果奖12项，上海市教育科学研究成果奖6项。
国家级教学团队2个，上海市教学团队5个，国家级教学名师1名，上海市教学名师5名。
教育部基地3个，国家级特色专业建设点3个，拥有国家级人才培养模式创新实验区项目1个，上海市高地建设项目5个，上海市实验教学示范中心1个。
目前，学校拥有中国科学院、工程院院士2名，国家“千人计划”2名，国家“973”首席科学家5名，长江学者1名，国家百千万人才3名，国家杰出青年科学基金获得者4名，国家级教学名师1名，全国模范教师1名，上海市教书育人楷模1名，提名奖1名，教育部新世纪优秀人才9人；上海市地方千人计划2名，上海市领军人才13名，东方学者9名，上海市医学领军人才5名，上海市教委领军人才1名；海外名师2名；国家级教学团队2个，上海市级教学团队5个。各级各类人才数量居全国中医药院校领先水平，为学校可持续发展打下了坚实的人才基础。建校56年来，学校为国家培养和输送了各级各类中医药专门人才，校友遍布60多个国家和地区。
