（本科）生物工程是生物科学、化学工程等学科结合而发展起来的新兴科学。它是21世纪前沿学科之一，具有生物高科技研究成果与产业化之间的桥梁作用，是当今国家和上海重点发展的技术领域。因此，生物工程在经济建设中的重要作用也将日益增强，市场对该专业的人才需求也将日益上升。
我院生物工程专业在具有悠久办学历史的发酵工艺基础上改建而成，在保持原有专业优势的同时，增进了现代生物工程学内涵，师资力量强，实验室建设较完善，仪器设备配套齐全，并拥有一批先进水平的仪器设备，能满足学生综合实践能力训练和专业技能培养，突出工科专业实践性强的特点，加大实践教学，着重培养学生观察、分析、解决问题和创新的能力。该专业强调生物工程与食品工程，轻化工程之间的互相渗透，尤其是生物工程与香料香精工艺间的结合，以促进学生专业知识的交叉和复合，培养厚基础、宽口径，知识面广，适应性强的应用型高级技术人才。该专业包括两个专业方向。
1. 生物工程（发酵工程方向）主要培养掌握生物工程基本原理与运用，突出发酵工程，酶工程在轻工食品中的应用。从事生产加工和新产品开发的高等应用技术人才。本专业主要课程设置：有机化学、物理化学、化工原理、生物学、生物化学、微生物学、生物工艺学、生物工程设备、生物工程下游技术、现代食品发酵技术、生化工程、造酒工艺学等。
学生毕业后适合在食品酿造、轻工医药等行业从事生产工艺和技术管理，新产品开发、市场营销等工作。2. 生物工程（生物医药方向）主要培养掌握生物工程的原理与应用，着重发酵工程、酶工程原理和技术在生物制药领域的应用，能从事产品生产、技术管理、产品开发的高等应用型技术人才。本专业主要课程设置：有机化学、物理化学、化工原理、生物学、微生物学、生物化学、生物工艺学、生物工程设备、生物制药工艺学、生物药物分析、药理学概论等。
学生毕业后适合在生物医药、生物化工、轻工等行业从事生产工艺、技术管理、新产品开发和市场营销等工作。