为促进医学院的快速发展，满足深圳市生物医药产业和社会的需求，经申请，国家教育部高等教育司备案，2013年3月国家教育部批准成立深圳大学医学院药学专业，学制4年，并于2013年开始招生。国家生化工程技术研究中心、呼吸疾病国家重点实验室深圳大学变态反应分室、深圳合成生物学工程实验室、深圳大学翰宇创新药物联合实验室和深圳天然小分子创新药物工程实验室为药学专业提供高端良好的教育环境。本专业以传授药学专业知识为主，增设临床药学课程，为包括临床药剂在内的医药行业、药物科研院所及与药品检验和药品安全事业单位等培养品德优良的高素质药学专业人才。
培养目标：树立“勤于实践、善于思考、乐于合作、勇于竞争”的学风，本专业重点传授药学专业理论，加强讲授临床药学知识，进行严格的科学实验训练和初步的科学研究训练，培育从事临床药剂、药品生产、流通、检验、医药营销、药物研究、教学、新药开发、生产管理与行政管理工作的新型从业人才，培养进一步开展药学研究和探索创新药研究新方法、新技术研究型人才。
主要课程：以药学专业课程教学为本，适时加强临床药学教学。药学专业设置的主要课程为：1）药理学；2）临床药物治疗学；3）药物化学；4）天然药物化学；4）药剂学；5）药物分析学；6）药物动力学、7）生物制药学、8）药物毒理学、9）药用植物学与生药学、10）药事管理学。
药学专业课程设置以符合国际药学教育的最低标准和培养学生通过国家执业药师资格考试为起码标准，并持续建设和创新，以满足药学专业长远发展目标。结合医学院临床医学专业教学和附属医院资源，为学生提供进一步的医学基础与临床药学知识和技术能力培养的机会。综合课程则由人文素养模块和创新科研模块组成。
主要实践性教学环节：本着“合理减少课堂教学时间、增多实践课程、着重培养创新素质”的理念，毕业实习从第四年第二学期开始进入为期48周的专题训练。毕业实习划分为：1）药物研究或生产实习，安排学生在深圳药业企业或科研院所进行实习；2）临床药剂实习，安排学生在深圳三甲医院药剂科进行实习。
培养模式：教学方面以多媒体教学为主要教学模式，大力推行名人大师专题讲座，提供学生亲自上机操作大型仪器、精密仪器机会。
推行教学改革，加强学生实验动手能力，掌握临床药物基础知识，提升学生研究创新意识。
授予学位：理学学士
专业受限：按教育部、卫生部和中国残疾人联合会印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》有关规定执行。不招色盲色弱，任何一眼矫正到4.8镜片度数大于800度者，两耳听力均在3米以内者，斜视、嗅觉迟钝、口吃者，请慎重报考。
专业特色：以“高端，精英，精湛，超前”的药学专业人才，采用与国际化接轨的先进的药学人才。