本专业与电气工程与自动化专业一起共建为国家级特色本科专业建设点，专业优势突出，就业渠道广，培养的人才具有“一专多能”的特点。
本专业设有飞行控制、工业自动化及导航与测控三个方向。培养具有扎实的控制科学与工程、计算机应用等较宽广领域的工程技术基础和专业知识，具有较好的系统分析、系统设计、系统运行、科学研究、技术开发和管理工作能力的适应国民经济建设特别是航空航天和国防工业发展的高素质的自动化领域的高级工程技术人才。
主要专业课程：自动化专业导论、自动控制原理、现代控制理论（I）、自动控制原理实验、传感器与检测技术、电机与控制元件、电路、模拟电子技术、数字电子技术、计算机硬件技术基础、电力电子技术、计算机软件技术基础等。
毕业生可从事导航、制导与控制、运动控制、工业过程控制、自动化测试与控制、模式识别与智能系统、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域的科学研究、技术开发、工程设计和管理的高级工程技术工作。
该专业毕业生近三年研究生升学率保持在30%以上，就业率均在99%以上。
近年来主要就业单位有中国飞行试验研究院、中国商用飞机上海设计研究所、成都飞机设计研究所、南瑞自动控制公司、株洲电力机车研究所、艾默生网络能源公司、飞利浦液晶显示（江苏南京）有限公司、万机仪器中国有限公司、无锡阿尔卑斯电子有限公司、江苏天然气公司、中国广东核电集团工程公司、南京长安福特汽车有限公司等。