本专业培养具备生物工程上、中、下游理论知识和实验技能，系统掌握生物技术及其产业化科学原理、工艺技术和工程设计技能，培养实践能力强的创新型生物技术产业化应用型人才。本专业设有发酵工程和生物制药技术两个专业方向，学生毕业后可到生物制品、酿造酒、发酵食品、生物制药、生物化工、酶制剂等相关企事业单位从事工程技术、生产经营管理、研究开发等工作。本专业是长沙理工大学重点专业，“走生物工程技术产业化之路”是本专业办学特色，师资力量雄厚，是湖南省办学最早的生物工程专业。
本专业主要课程包括分析化学、有机化学、生物化学、微生物学、生物化工原理、生物工艺学、生化工程设备、基因工程、发酵工程、生物制药工程工艺学。