音乐学（musicology）是采用科学方法对中外音乐艺术和各种音乐文化现象进行系统研究的一门艺术理论学科，内容主要涉及：音乐的历史发展及演变，音乐的社会功能及文化意义，音乐的审美机制和美学规律，音乐作品的解析和批评，音乐语言的构成及运作，音乐的传播与接受等方面。其分支学科在国内目前包括：中国音乐史，西方音乐史，中国传统音乐理论，音乐分析学，音乐美学，民族音乐学（音乐人类学），音乐社会学，音乐批评，音乐心理学，音乐教育学，音乐声学等。上海音乐学院自1927年创立，是国内历史最悠久、影响最大的高等音乐学府。
近80年来（特别是1949年以来）为我国乃至世界乐坛培养了大批优秀人才，并为中国现代意义上的音乐教学体系、音乐理论体系的形成和发展做出了突出贡献。本院音乐学系于1982年正式建立，由此掀开了本院音乐学学科教学发展与科研进步的新篇章。从历史上溯源，本院的音乐理论学科从1927年建院伊始便开始奠基，以萧友梅博士、黄自先生为代表的前辈理论家、作曲家奠定了上海音乐学院重视基础理论、善于融会中西的优良学风。
1949年，本院便成立了中国最早的音乐理论研究基地音乐研究室。1956年，本院成立民族音乐系，下设理论专业。与此同时，作曲系改称理论作曲系，招收理论专业学生，进一步加强理论学科的建设。
在这些举措的推动下，上海音乐学院音乐理论学科的人才培养和学术进步取得了世人瞩目的成就。1979年，音乐研究室开始招收音乐学方向的硕士研究生。1980年，本院音乐研究所在原音乐研究室的基础上正式成立，使我院音乐学的学科发展在改革开放的新形势下注入了新的活力。
音乐学系创立后，坚持以扎实的教学为基础，以高质量的科研为先导，成绩卓著，对全国乃至世界的音乐学发展产生了积极影响。几十年来，我院的音乐学理论事业立足我国本土的民族民间音乐资源，同时积极汲取外来的优秀学术养料，在音乐研究和理论教学的各个领域中均取得了有目共睹的成就，涌现出了沈知白先生、钱仁康...。