日语语言文学系于1971年在前校长苏步青教授的热情关怀下建立。复旦大学是上海最早设立日语专业的4所高校之一，至今已有37年的历史。该系的教学科研目标是创建复旦园中的精品学科。
学生曾多次在全国和上海市大赛中获得优异成绩。该系拥有日语语言文学硕士点，是中国日语教学研究会常务理事单位。