北京市第三十九中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女中、耕莘中学(两所寄宿制教会学校),1952 年由北京市人民政府接管后,正式命名为北京市第三十九中学。80年的历史积淀,使学校有着优良的教育传统,多年来为国家培养了数以万计的优秀人才。
北京市第三十九中学现校舍,是近年内市区两级政府投资9千万元,于2002年8月建成的一个以六层教学大楼为主立体建筑的新校舍,总占地面积约1.3万平方米,主体建筑的使用面积 18000 m2,可容纳32个教学班,内有化学实验室、物理实验室、生物实验室各3个,总面积900平方米。计算机房、美术、音乐、历史、地理、观摩、多媒体等专用教室10个,总的面积950 m2。楼内设有图书馆350 m2、阅览室300m2 教师电子备课室、学生电视台、多功能厅、报告大厅、形体健身房、体育馆、游泳馆,及可供全校师生千人用餐的食堂。院内有4749 m2环形塑胶跑道,人工草皮操场和998 m2羽毛场,与六层教学大楼竟相辉映,气派非凡。