创建于1947年的北平私立惜阴中学是四十三中学的前身,创办人王耀庭即惜阴中学第一任校长。1949年1月31日北平解放,人民政府接管了惜阴中学,成立了新一届董事会,推举张长序为第二任惜阴中学校长。1952年9月23日,北京市政府将惜阴中学收编为国有市立中学,并颁名为“北京市第四十三中学”,1978年被确定为北京市田径、篮球传统校。
2003年7月,教育资源调整,北京市梁家园中学合入四十三中学。合并后的四十三中学坐落在宣武区古文化街琉璃厂附近,分南北两址,占地面积1.7万平方米。一座实验楼,三座教学楼,一座办公楼,总建筑面积1.6万平方米。一个塑胶操场,一个沥青操场。 现任校长陈利华,书记杨洸;现有校级干部4人,中层干部6人。目前学校设有德育处、教学处、总务处、办公室、教科研室三处两室,是教研组、年级组双轨制‘建制’,设有语文、数学、英语、文综、理综、体育、艺术、技术八个教研组,初一至高三6个年级组。共有26个教学班,在校学生约800人,教职工145人。