2013年5月22日，南京市第五初级中学和南京市第五高级中学正式成立。原第二十四中学、第二十八中学番号取消，合并成立南京市第五初级中学，统一法人；原南京市第五中学更名为南京市第五高级中学。这也是新秦淮区的并校第一轮动作。

　　南京市第五高级中学计划将教改实验延伸至初中，今年在第五初级中学新初一开设“3+3”教改实验班，缩短并优化初中与高中的衔接过程。此外，涉及近20所学校的整合、“牵手”方案正在酝酿。